瑞星提示360有问题？

不是啦，这是瑞星的智能监控功能，瑞星会监控一部分容易被病毒利用的注册表项目。而改动这些的不止有病毒，正常软件有时也会改动到它们，只要是你信任的正常软件，都可以允许的。
瑞星不是提示360经常被病毒利用，而是跟你说360正在修改被瑞星保护的注册表项目，这种操作可能是病毒的操作，瑞星不能肯定是病毒还是正常软件，所以就提示你操作了。
不是360有问题，更不是360和瑞星有冲突。

360我感觉不好

呵呵。这是正常的提示，要是不想出框就允许。再把重启后那个选上就行。