签字确定用抓阄的形式进行分立公司是否有法律效力

有。只要是双方同意的，不论形式如何，均以外在形式作为判断基础。双方签字同意该方法，并请公证处公证。得到权力机关的认可，具有法律 效力。

即然你对公司分立这块很明确了，只是想确定谁拿A区，谁拿B区，那就简单了，先把其它条款都协商好，只把谁占A区，谁占B区空着，找个良辰吉日，两方抓阄，抓完了，两方都没意见了，把空填上，签字收工，以后谁想借抓阄有欺诈呀，有问题呀，没有法律依据呀，搞封建迷信呀，来反悔，对方都不承认抓阄的事，只说是经双方平等协商，免得麻烦。倒不是说抓阄不行，但你们又签抓阄协议，又公正的，不是没事找事吗？法律上的事，环节越多，越可能出现问题，你这事情关键把股东决议做好，把债权债务解决好，公示程序做好，再去工商一登记，到时候谁再有什么意见也晚了。