如果申请仲裁会得到什么样的结果

不是不是，如果是在08年1月1号之后，与单位终止劳动关系的（针对有劳动合同的），就是合同到期了这种情况，才是从08年1月开始计算补偿金，但是是属于解除劳动关系的话，就是从上班的那一天起开始，按你的情况来说，就是从99年开始算。
没听说过你的那个说法~~但是有申请仲裁的时限问题，在你知道利益被侵害的一年内你都可以提起仲裁。
你的情况申请仲裁的话，证据确凿的情况下，你可以得到经济补偿金（解除劳动关系的，从99年到现在）、赔偿金（未订立劳动合同的，每月两倍工资）
如果你的工资低于你工作所在地最低工资标准的话，还要给你支付差额部分。
加班工资的话，根据《劳动法》第四十四条规定，按照你的加班时间（平时加班、假日加班又不能安排补休、法定节日加班）分别要支付给你加班费，分别是工资的100%、200%、300%

能想到的就是这些了~~~
希望能够帮助到你。