寻法律问题

你的问题没有提清楚。
1 你与股东签订合作协议，是与哪个股东，是科技公司的股东吗？如果是的话，为什么是出资加盟其武汉分部？其分部不具备法人资格，如果加入你的资金是没有保障的。如果说公司完全是你们自己的，只是挂个名头的话是可以的。
2 你所说的股东是现在与你合作的股东吗？如果是的话，你们是如何合作？在合作协议中是如何约定的呢？如果你们要注册公司的话，是没必要签定合作协议的。如果是要注册成合伙企业的话，就按退伙来处理，在合同中有约定按约定来处理。
3 另外，你们要加盟另一家公司也经过你的另一个合作伙伴的书面同意吗？如果没有的话，你处于比较被动的地位。

合作协议里面的内容中有没有关于违背协议的惩罚条例？
其次是你如果和他签订了合作协议，而他单方面退出，你可以去法院就此事寻求赔偿的。
合作协议一定是有效的。
退出人首先得承担协议中的惩罚条例，其次在调解中也要做出一定的让步

你的事没有说清楚，这样很难帮你解决, 说具体点