确认U盘中病毒了，只有4个文件占了3.MB但总共占了U盘2.7G的空间（包括被隐藏的文件）

文件被加上了系统隐藏属性，你进入文件夹选项，要去掉隐藏受保护的操作系统文件的钩并显示所有文件才可以看到隐藏的文件
去除系统隐藏属性可以用下面的命令：开始菜单-所有程序-附件，调出命令提示符，然后输入attrib -s -h -r X:\* /s /d 这里的X指U盘的盘符

中毒太深了，估计文件也不能用了，直接格式化吧。
电脑系统也要重装一下，不然还是不能彻底解决问题。

没搞清楚 你 说的意思
格式化一次试试

明显中了病毒，下个360安全卫士。
用里面的专杀清理一下就行了。
http://baike.360.cn/3229787/18753586.html

那些文件夹是被病毒隐藏了。可以通过winrar查看U盘中的隐藏文件，想让他们现身，可以使用usbcleanner等U盘杀软。
或者，手动现身：
开始→运行→cmd→attrib h:\* /s /d -s -h -r回车。（h:\是你的U盘盘符）
调出cmd(命令提示符)还可以win+R,再cmd。
注意：你说的“显示隐藏文件是开着的”却看不见东西，说明你的注册表被病毒恶意修改了，所以一定要用uscleanner修复，顺便建立免疫文件夹！！！
祝你成功！！！

用usbclear6.0即可