请问我单位开出加工费发票如何做账、核算成本结转

看你的问题主要是成本核算
把用于该加工产品消耗的辅助材料以及工资、制造费用按工时比例计算入该加工的产品就是它的销售成本。

月底在结转帐务时，把加工费作为一种商品来看待，和其他商品按比例来分摊各种相关费用，如工资、折旧、各种材料等。