电机冷却器能与电机分开控制吗

当然可以分开控制了。
举个例子：变频电机的风扇控制电源是单独给定的，
而普通电机的风扇冷却是直接装在轴上的。
这就是典型的电机冷却器和电机分开控制的例子。

我想这个是设计的原因，是否需要独立冷却系统，取决于电机的温度。咱们做个假设，如果主电机温升不大，但它带了风扇，这样将消耗功率，而如果带来独立风扇，则可以在需要的时候再给上，这样能节约能源。
或者电机的设计功率裕量太小，如果满负载运行的时候再加上风扇的负载，可能电机就不能承受了。
以上是我的猜测。
对于楼上说的变频电机风扇控制电源独立，还是很有道理的，比如转速降低，必然导致冷却效果不行，所以需要加装独立风扇。

但我见过的高压电机，独立的好像还真比较少，高压的一般功率都比较大，这样温升会比较厉害，所以都会在内部轴上加装风扇（空冷或者空空冷或者空水冷）

这个是必然的，分开控制并不等于没有关系，而是在电机的运行与风扇的运行是联锁控制的。