柯南身份别识别的集数

黑羽快斗(M3世纪末的魔术师中发现 最后在紧要关头还“救”了柯南)

宫野志保(即灰原哀 变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的)
TV129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件

宫野明美（柯南亲口承认，已死）
TV128 黑暗组织10亿抢劫事件

泽田弘树（诺亚方舟，M6贝克街的亡灵中与柯南玩时发现，通过DNA检测，已死）

苦艾酒（贝尔摩得)Vermouth（与新一的母亲是同事也是朋友，见过新一小时候)
TV286~287~288 工藤新一纽约事件
TV345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★

本堂瑛佑(柯南自己承认的）
TV508 卡拉OK厅的死角（后篇）

除了楼上说的以外，补充一点，怪盗基德，也就是黑羽快斗是在剧场版3，世纪末的魔术师里确认知道他的身份。还有剧场版6贝克街的亡灵那个电脑系统诺亚方舟已死的发明人已经死去的泽田弘树在游戏中知道了柯南的真实身份。灰原哀是药物的发明人在129集告诉柯南，她知道柯南的身份。楼上有一点说错了，宫野明美知道柯南的身份是在第128集临死前，柯南自己告诉她的。其他知道柯南身份的人还有鲁邦三世与他的同伙峰不二子、次元大介、石川五卫门（鲁邦三世VS名侦探柯南中发现）。另外传说在剧场版13中，有超过一名黑暗组织成员会得知柯南身份。另外我认为FBI的长官james black应该也是知道柯南身份的。

013 奇怪的寻人事件 宫野明美（已死）
345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 茱蒂，贝尔摩德，赤井秀一（其实早就怀疑了，只是在这一话确认了）
508 卡拉OK厅的死角（后篇）本堂瑛佑

最新！M13中黑衣组织成员爱丽舍（预告片中警局内奸）也知道了，但是因为gin杀了他敬仰的皮斯克，就没有告诉他，最后她被组织暗杀时，嘱咐柯南一定要摧毁黑衣组织。绝对可靠！

129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件