盗窃案中，被盗车辆买时九万多，盗窃金额也要算做九万多吗

盗窃金额由物价部门鉴定，公安部门依据鉴定来立案，法院根据金额大小定罪量刑

不是，警方会根据市场价估价的，有依据，http://jc.gov.cn/InfoFile/20081/2008131103313625.html
你说9万多可以提供发票作为证据

通常会折价计算，或者按现在的市场价进行计算。

这个应该按照市面价格重新估价坚定。即使是新车，也不会是原价了。

按车辆实际价值计算.