我没有非法营运但是车被扣了怎么办

没有非法营运但是车被扣了，属于行政行为，可以向被扣的车的主管部门申诉，要求说明扣车理由和证据，如果不服，可以直接向当地人民法院提起行政诉讼。
　　根据《中华人民共和国行政诉讼法》规定
　　第二条　公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。

那要看你有没有收车费，客人证词很重要，如果客人说跟你谈好了价或给你车费了，就完了。起步罚一万

就是啊，如果是免费送的，肯定没事的，让那个客人作证