电脑启动后很长时间才加载移动硬盘

我的电脑有两块硬盘，一块15G，一块320G，15G的在机箱里，用来装系统，320G的是后来买的，同时又买了个移动硬盘盒把它装起来，但是当作普通硬盘用（USB接口，有单独电源）．开始用一切都很正常，可是最近电脑启动后要很长时间才能加载320G的硬盘，任务栏中那个删除移动设备的标志也要很长时间才能出来，在此之前，点击任何程序都显示正在浏览，然后就说找不到程序的链接（因为我所有的软件都在320G上），大概要几分钟后才能正常加载成功．然后就一切正常了，运行软件没有任何问题．我不知道是因为硬盘上装的东西多了（我的盘上现在已经占用的空间大概40多G），导致加载时间变长，还是别的什么原因．以后加载斩时间会不会越来越长．望知道的朋友能够指点一下，感激！！！
首先谢谢各位朋友的回答，我再补充几点：
1．320G硬盘有单独电源．
2．刚开始用的时候挺好的，启动也挺快，只是最近才出现问题．所以我在怀疑是不是东西装的太多了，可是才用了40多个G呀，如果是这个原因，那岂不是不能再装东西了．
3．关于转接卡，我也考虑过，只是听朋友说不太好，好象不太稳定，所以没有用．
4．我的机箱里已经装了不少东西，怕散热不好，所以才买了移动硬盘，而且盒子可以装PATA和SATA两种接口的硬盘．当初买硬盘的时候挺为难的，SATA是以后的趋势，有很多优点．PATA是现在用的较多了，所以买了个两种接口的盒子，想以后不管哪种接口都能用．
5．我也知道把硬盘装在机箱里就不会出现问题了，可我说了，机箱里的东西太多了．所以我想找个在不动硬盘的情况下能解决问题的方法，比如优化一下，或者在哪里设置一下．等等．

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