经常看到日本军队有两种旗，一种是白底红心的另一种是圆心有线条的，难道一种是国旗一种是军旗？

对了 白底红心的一种是国旗 有放射形线条的一种是军旗

白底红心的一种是国旗，带条的是军旗，
你没看到带条的那个只有在一些影视作品中的军官办公室的背景才有吗？

对，太阳旗是军棋，白底红日旗是国旗。日本战车上的一般都是太阳旗，国旗大多在领导的办公室里。

旭日旗是军旗，单独的红日旗是国旗。

现在的人们一般都将日本的“旭日旗”理解为被称作“军舰旗”或“海军旗”的海军专用旗帜。但早在1870年（明治3年）5月15日公布的名为〈太政官布告第355号〉《陆军国旗并诸旗章兵部省挑灯幕等图面之通候条府藩县一般纷敷印相用申间敷候事》的通告中，“旭日旗”的图案最初是以“陆军御国旗”的名称出现在公众场合的。根据通告“陆军御国旗”宽4尺4寸（约134.2cm），长5尺（约152.5cm），长宽比是1.14比1，形状近似正方形。日之丸（红太阳）直径为国旗长的三分之一，位于旗的中央。有16条红色光线从日之丸呈放射状向外延伸。
“日之丸”早已经无形中成为了国内外日本国旗的标志，无论是倒幕的政府军还是幕府军都使用了“日之丸”来表明自己是正统。诸如在上野宽永寺之战中的彰义队使用的日章旗、庄内藩使用的日章旗、会津藩部队使用的日章的袖章、长冈藩河井继之助配发给属下部队的日之丸的折扇、函馆战争中五稜郭城上打出的日章旗等等，幕府军以及支持幕府的藩镇军都在戊辰战争中使用了“日之丸”。出乎人们意料的是，率先将“日之丸”作为日本象征使用的不是明治维新后的新政府，而是德川幕府。
当然除了“日之丸”，幕府的其他同盟军也曾经使用其他各式各样独特的军旗，诸如庄内藩的酒井吉之丞配发给属下部队（庄内藩第二大队）的绘有北斗七星的“破军星旗”（又称“七星旗”）以及线条圆滑的五角星那样支持幕府的藩镇部队的标志。
兵部省中专门负责设计军旗的人应该非常了解“日之丸”历史和戊辰战争前线各个部队实际所用军旗的情况，所以在提出新军旗方案的时候采用了“日之丸”，并将“日之丸”称为“旭旗”（日语中“旭”和“旭日”是相同的），将从红色“日之丸”发出十六条放射状光线称为“日足纹”。