订了澳门到新加坡飞机，可以从深圳过境香港再搭船去澳门坐飞机吗

如果楼主的飞机是从澳门出发,,那澳门楼主是可以免签的,,只要有机票在手给"口岸警察"看,,!!
如果楼主又想去香港的话,手上又没有从香港出发的机票,,那楼主肯定是需要香港"通行证"了,,!!
除非楼主有深圳的省份证,,可以办一年多次出入的"港澳通行证"!!
哪怕是因公护照,,到香港是私人的事情,,和国家没关系呀,,香港海关还是要看楼主有"通行证"的呀,,!!
当然楼主可以试试看,,明天可能新规定出台呢,,反正上个月就不行,,!!

直接可以从蛇口或者福永码头去澳门，何必去香港再折腾？

不可以。只能直接入境澳门。

如果你有港澳通行证的话，是可以的。