个人所得税 是在基本户中扣除的吗

这个要看你们企业和税务局及银行签订的协议，企业由银行代扣税款，要事先签订三方协议，约定扣款帐户，网上申报税金后就会按时扣款。

单位代扣代缴的个税，按综全申报从基本户缴纳

个人所得税是从你的地税户里划走的。