单位收到下级公司抵顶上交利润的水泥一批怎样入账

是不需要的，如用发票的话，你想：你是要付他们款吗？当然不是啊！所以是不用发票的，你只要把这批水泥入库存商品就行了，减少应收利润不就得了吗。
至于说你的下级怎么处理是他们的事了。

如果下级企业是独立法人，就要开发票，不然税务局不答应

上级单位要发票的,开票金额应是抵顶利润金额应等于这批水泥价税合计,即含增值税价格。下级公司用自己产品抵顶，由于已开具发票则就是正常销售入账既可，一边增加主营业务收入，一边减少上交上级单位利润