学校组织反清考，可是只能拿毕业证没有学位证

没有拿到学位证可能是因为学分没修够，或者是挂科了补考没有过，或者是没有通过大学英语四六级，或者没有通过计算机等级考试，或者有考试作弊等过违纪行为。
那要看你属于哪一种了，一般学分没修够的，学校会为你想办法。
清考时都会放你一马。我不知道你说的反清考是什么意思。
建议你赶紧和学校负责人联系。