台湾的拼音是不是跟日语有关系?

完全完全没关系。
台湾的拼音是注音符号，是百分百国产的字符。翻开新华字典就能看到，绝对纯国产。百度百科链接：http://baike.baidu.com/view/294730.htm
假名则是纯日产，而且出现的年代比注音符号要早一些。

其实你觉得差不多是因为你不熟悉两者的字形。深入比较的话，其实两者只是粗看有些像，细看之下是完全不同的风格。台湾人和日本人绝对不会认错两者。

没有任何关系，你翻翻新华字典里的拼音表也会发现很像，只是大写的写法

不能说完全没关系，现在台湾通行的注音符号是在新文化运动时仿造日本的假名而创造的（1913年制定，于1918年北洋政府批准实施）。

完全没有关系！