根瘤菌是需氧型生物，那么她的呼吸作用主要是在细胞膜还是细胞质基层

应该是细胞膜。
因为根瘤菌是需氧菌，而由于其是原核生物，不具有线粒体等复杂结构。而有氧菌的细胞膜可以内陷形成间体，其与线粒体功能相似，称为类线粒体。
更多的可以去百科看下，再详细的找本微生物学翻翻吧。

是在细胞膜上

奥！我明白了

当然是在细胞膜上，表面积大而且与外界环境接触