我用别人的公司签合同（我自己没公司），但货款客户要付到公司的账户上，我该怎样做，才能保障我的资金呢

你既然用别人公司签合同，货款肯定打到别人公司帐户上，这是肯定的．关于如何保障你的资金，建议你跟公司签个劳务协议或承包协议，明确你来做这个项目，具体利润你取多少，当然发票你自己解决．
没有百分百的保障，挂靠本来就不合法．关键还是你跟公司老板的熟悉程度．

你和对方公司的关系怎么样.

还是找个律师,咨询一下吧

和收款的公司前一个协议，当然这个协议时你们之间的，最好越少人知道越好，但是这个事不正规的做法，正规的做法就是你自己成立一家小的贸易公司，然后你客户的钱进你的账户最好