NVIDIA gdforce9400gt 和AMD athlon64*2 5000+ 会兼容吗？

兼容是完全没问题的，但你玩游戏卡很可能是显卡的原因。
你玩的是不是3D游戏？

9400GT这款显卡太低端了，现在主流的3D游戏运行起来会比较吃力，卡是正常的。
9600和其以上的显卡才能运行现在市面上的主流游戏。

不会有问题的，应该是你显卡驱动的问题，吧原来的驱动卸载了，从新下载个装试试

您玩什么游戏，如果是大型3d游戏。。垃圾显卡配低端双核 必然卡啊

系统问题....

不会，你可以重新装显卡驱动，也可以换ATI显卡，毕竟AMD和NVIDIA是事业敌人。