黑暗是由什么组成的？

我们看到东西是因为光的缘故
无光就什么也看不到也就黑暗了
就算放一块铁在你眼皮你也看不到

你所说的“黑暗”应该是狭义上的，只是因为没有可见光发出。
如果“黑暗”的只是空气，自然也就是由气体分子构成的，本质上还是由原子构成。而真空只是理想情况下的，真空本身一般不被成为物质。
所以说，从广义上讲一切物质都是由原子组成的并没有错。

除非你在微观结构里谈到离子、电子等，这时候，原子就不是最小单位了。