本人户口在南京，妻子户口在其他省市，办理准生证怎么办

准生证在女方户籍所在地的计生办办理！带好双方的身份证、结婚证、户口本，有可能女方户籍地还需要你的初婚未育证明，所以如果需要的话你要到南京先去把这张证明开好！具体事宜你可以先打电话向女方户籍地计生办那里先确认咨询好！
第一胎通常是不需要准生证的，既然你问了所以才告诉你怎么办理。孩子的出生证明是孩子出生后医院开具的，只要父母的基本证件，每个孩子出生后都有！如果你们在南京的话你妻子属于外来流动人口，所以出生前应到男方户籍地街道办理相关手续，如生育联系卡之类的，这是针对外来流动人员生育时医院要看的！