叫人二饼是贬意吗

叫人二饼应该是贬意和骂人的，就是“你瞎啊！”的意思，这个主任应该是个混蛋、混混！作为一个干部，其修养就是这样的低劣，悲哀啊！
但你的做法也欠妥，应该客气一些，要有所指的，要打招呼，比如，办公室有很多人，你踏入屋内，先打招呼，“几位辛苦，请问哪位是某主任？”，你这样做，别人会告诉你，主任也会搭腔，决不会出现你遇到的情况！

有一点贬义，但是看语境开玩笑的意味多一些，打趣你呢。
另外你问话的方式有点问题。你应该问：请问某某主任在不在？或者问：请问哪位是某某主任？
其实看座位应该能判断这个室的领导是哪位的，所以如果没见过，应该问最靠边的肯定不是主任的人。