农民专业合作社可以搞花卉制种吗

当然可以。
农民专业合作社可以围绕同类农产品从事生产经营活动，需要注意到是，该经营行为要与营业执照上核定的营业范围相一致。
根据《种子法》规定，从事商品种子生产的，必须取得种子生产许可证。申领条件和程序可以咨询当地农业行政主管部门。

当然可以，许可证还是要的，向当地农业部门申请。