收取信息费的物流企业如何确认收入

我公司是一家运输企业，只提供信息服务，向司机收取信息费，同时代垫运费，开具运输发票给付款方，但是付款方除了税款直接支付给我公司外，运费部分直接付给司机，那么我公司怎么确认收入，实际收入只是信息费，但由于开具了运输发票，不作为收入会不会有问题？
问题就是付款方把运费直接付给了司机，这已经形成事实，我公司是按照开出发票的全额确认收入还是按照收取的信息费确认收入，或者有其他的办法？

税务局是按照你开出的发票确认收入，是运输发票，交纳营业税3%；是服务发票，交纳5%
发票是你们开的，开出多少金额，你们公司就应该收取进来多少，这样账才会平。然后才再由你们支付给司机运费，而不是付款方支付。

补充：
明白你公司的实际情况是那样，但从会计制度及税务角度来说你全额开票，就应该按全额缴纳营业税。你不能像货运代理那样，按差额纳税（收入扣除成本），你的情况税务局不会认可。
你现在可以做的是：
1.只开信息费那部分发票，按这部分金额确认收入纳税（服务发票,营业税5%）并收款，司机那边付款方非要直接付，就由司机提供发票给他们去。
2.全额开票，全额确认收入，但要求付款方全额付款，然后由你们付司机，这样做是为账平。至于交纳的税率，看你开什么内容、什么发票了，开运输发票，交纳3%，开服务票是5%。
一旦发票开出，只能根据发票内容纳税。

　　税务局是按照你开出的发票确认收入，是运输发票，交纳营业税3%；是服务发票，交纳5%。发票是你们开的，开出多少金额，你们公司就应该收取进来多少，这样账才会平。然后才再由你们支付给司机运费，而不是付款方支付。
　　在权责发生制下：
　　收入：只要送了或收了快递件就作为收入。
　　成本：发生的工资、车辆折旧、等都可以作为成本。
　　权责发生制又称应收应付制原则，是指以应收应付作为确定本期收入和费用的标准，而不问货币资金是否在本期收到或付出。也就是说，一切要素的时间确认，特别是收入和费用的时间确认，均以权利已经形成或义务（责任）已经发生为标准。

不能很好理解，你们是运输企业，为什么只提供信息服务，按你的说法，你们应该只能是服务行业，专业服务与运输，因为按照你说的，运输并不是你们公司的业务，你们怎么可能开具运输发票啊。如果真的要这样操作的话，那么建议以后财务规范方面要让付款方把钱打到你们账户，你们再支付给司机。你们再按照发票金额确认收入，缴纳5%的营业税。

按照开出的发票确认收入，是运输发票，交纳营业税3%；是服务发票，交纳5%。
发票是开出多少金额，公司就应该收取进来多少，这样账才会平。然后才再由公司支付给司机运费，而不是付款方支付。