税务机关不让非独立核算怎么办????????

首先，你分公司所在市税务机关是强词夺理，既然他们一口否决你办理非独立核算的请求，你何不反问一句“你们有何法定依据？”。

从常识来讲，从法律来讲，分公司是非独立法人实体，是不能进行独立核算的。

你总公司在市设公司，依据《中华人民共和国企业法人登记管理条例》第五条“经国务院或者国务院授权部门批准的全国性公司、企业集团、经营进出口业务的公司，由国家工商行政管理局核准登记注册。中外合资经营企业、中外合作经营企业、外资企业由国家工商行政管理局或者国家工商行政管理局授权的地方工商行政管理局核准登记注册。全国性公司的子（分）公司，经省、自治区、直辖市人民政府或其授权部门批准设立的企业、企业集团、经营进出口业务的公司，由省、自治区、直辖市工商行政管理局核准登记注册。其他企业，由所在市、县（区）工商行政管理局核准登记注册”之规定，你公司可以先在市工商行政管理局办理非法人营业执照。

根据《税务登记管理办法》（国家税务总局令第7号）第二条“企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位，均应当按照《税收征管法》及《实施细则》和本办法的规定办理税务登记。前款规定以外的纳税人，除国家机关、个人和无固定生产、经营场所的流动性农村小商贩外，也应当按照《税收征管法》及《实施细则》和本办法的规定办理税务登记。根据税收法律、行政法规的规定负有扣缴税款义务的扣缴义务人（国家机关除外），应当按照《税收征管法》及《实施细则》和本办法的规定办理扣缴税款登记”之规定，你分公司有义务在市主管税务局办理税证。既然有义务去办理，那么你分公司去申请税证理应是水到渠成的事情；既然文件都规定分支机构可以办理，当地税务机关有什么理由拒绝承认你分公司的非独立法人身份？

其实这个问题的实质，是你分公司所在地的税务机关想争夺企业所得税的税源。地方税费在市税务局交，但是分公司的企业所得税要纳入总机构进行汇总核算，市税务机关吃不到这块肉，当然要卡你们了！