地级市的市辖区的区委组织部是否可以进行跨省党组织关系转移？

根据中央组织部的有关规定，县级及县级以上地方各级党委组织部可以在全国范围内直接相互转移党员组织关系，县级以下党组织不能在全国范围内直接相互转移。
所以，经过不经过都是可以的。

最起码也要地级市的市委组织部办理。

县一级的党委组织部门就有权限直接结转组织关系，全国范围内都可以。如果地级市的市委组织部有相关规定说“出入本市（地级）需要经过市委组织部”那你就过一下他那里。

完全可以
本人亲身经历