我姨44岁，在单位工作13年因为是农民户口所以单位一直给上了13年的农民保险

你姨已经工作10年以上，根据劳动合同法的规定，她同单位已经有了无固定期限合同，按农民保险不公平，你最好找一名律师向单位讨要应该给你姨的各项待遇，如单位不给可以起诉单位。
保险与保险之间没有冲突，与别的没有影响。

国家有相应的规定在退休时会合并计算，不会有什么影响。
打官司，跟国家打，有点痴心妄想。