The frightening thing is the rate at which it is increasing.

好，这个句子我们来划分成分：简化的说，应该是The frightening thing is the rate. 到这里句子就是完整的。后面的成分就是对 the rate的定语从句。那么现在主句我们没有问题了，单看从句。
从句which指的就是rate. 那么就是说：It is increasing at the rate.显然，如果，没有It的话，从句就缺少成分。而这里的It就是指污染的速度。翻译过来就是污染的速度一直增加。
你的这个句子应该是一段话挑出来的吧！所以要结合上下文理解。

The frightening thing is the rate at which it is increasing.
这句是which引导的宾语从句，如果不用it的话，那么宾语从句就缺少主语了。 it is increasing.是从句it做主语