我先后去了两家医院看个感冒，他们说只能配药，要不就输液，就是不能打针，这是怎么回事？

呵呵，不会不可以打针吧，是不是医生们都嫌打针赚钱太少了啊

治疗疾病，特别是用药方面，涉及到生命安全，医院会把安全放到第一位，其次是费用，再就是疗效。打个比方，假如你是医生，配药是10元，打小针（肌肉注射）也是10元，输液是100元，你会给病人用哪种方案？打小针牵涉到消毒、配药、推针技巧、观察等一系列问题。
这个无法投诉，因为这是服务双方的自愿行为，第三者无法指挥用什么方法治疗。
关于发烧治疗问题。看看：http://zhidao.baidu.com/question/119021856.html
再说你的“觉得就个感冒用不着那么大的药剂量，免得以后真有个大病就没法用药了”想法本身就不正确。

打针（肌注，im）很痛的，只适用于需要缓慢吸收的药物，比如止痛药、胰岛素...

输液（静滴，ivgtt）方便快捷，是医学治疗的主要方式。而且输得药水是用生理盐水或葡萄糖水稀释的，真正药物的剂量是很少的，不存在大剂量的说法

还有那医生竟然说她也不知道，真是不应该啊，至少也应该搪塞你一下才对，比如说“这是卫生管理部门的规定”，哪能对病人说不知道啊