这种情况开除党籍是合法的吗？

学校没错。如果你朋友有良知就不会随便翻墙。

根据《共产党章程》第三十九条 党的纪律处分有五种：警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍。

留党察看最长不超过两年。党员在留党察看期间没有表决权、选举权和被选举权。党员经过留党察看，确已改正错误的，应当恢复其党员的权利；坚持错误不改的，应当开除党籍。

开除党籍是党内的最高处分。各级党组织在决定或批准开除党员党籍的时候，应当全面研究有关的材料和意见，采取十分慎重的态度。

因此，党章只是规定应当慎重，具体授权给各级党组织视情况决定，结合你们的具体情况，又处于西藏这个敏感地区，开除党籍也不过分。

开除党籍并不是法律问题，但是，根据“第四十一条 党组织对党员作出处分决定，应当实事求是地查清事实。处分决定所依据的事实材料和处分决定必须同本人见面，听取本人说明情况和申辩。如果本人对处分决定不服，可以提出申诉，有关党组织必须负责处理或者迅速转递，不得扣压。对于确属坚持错误意见和无理要求的人，要给以批评教育。 ”可以向上一级党组织提出申诉。

建议还是态度诚恳，向党组织主动承认错误并检讨，如果态度不端正，怎么可能不被开除党籍

开除党籍不存在合法不合法的问题，只存在合不合党纪的问题，党员的纪律处分适用《中国共产党纪律处分条例》。
学校给你这同学留校察看，开除党籍算不算过分，问题不在于学校平时封校管理制度是不是合理（这个问题你们可以向当地教育主管部门申诉），可以向当地疾控部门了解当地对于“甲流”的防治措施是不是要求相关单位进行封闭式管理。如果学校此时封校是基于疾控部门的政策要求的话，学校的处理未必失当。
建议你同学还是为了前途好好认错，尽量争取学校网开一面（多用些“软招”吧）；打算从法律上解决的话，只有从疾控部门的管理措施入手。
另外说点题外话，大学生，党员，应该知道点疾防疾控常识吧？假如说这学校未封校或采取其他强制措施，你这同学不幸“甲流”了，你们是不是要追究学校疾防疾控的过失责任呢？对你们……无语。

你说学校滥用职权是不准确的
开除党籍和法律无关，和党纪有光，和其行为服不符合党的