有没有办法设计个模块，pc通过软件往usb口发送信号（比如方波）然后模块输出该信号（方波）？

USB只能输出方波（差分信号），你的意思的要模块储存下这些数据，然后不停发送？那当然要单片机不停的读了...再立即发送至输出级...

要是只是转手一下信号，那岂不是一个“射随器”了....差分放大器，难道也算“模块输出该信号”，不知这有什么用？

直接实时（要求不高）输出？单片机读了就输出，速度快也算实时了。你是觉得ft245bl太慢？不实时了？