请问:公司注册资金是100万,两个股东各自出资分别为49万和51万,但两个股东各存入银行60万,请问怎样做分录啊

你的应该是内资企业，关于内资企业建议问一下股东的意愿。
如果两个股东说这些钱是暂借公司使用的就记入其他应付款。不过要告诉给你们出具验资报告的会计师事务所，体现在验资报告上。
借：银行存款120万
贷：实收资本-甲51万
实收资本-乙49万
其他应付款-甲9万
其他应收款-乙11万
如果两个股东说这个钱就是投资的话计入资本公积，也要和事务所说明，要体现在验资报告上。
借：银行存款120万
贷：实收资本-甲51万
实收资本-乙49万
资本公积9万

如果已经出具了验资报告那么就要看验资报告上是如何处理的。

借：银行存款 120
贷：实收资本-股东1 49
实收资本-股东2 51
资本公积 20

借：银行存款120万
贷：实收资本-甲51万
实收资本-乙49万
其他应付款-甲9万
其他应付款-乙11万

做进资本公积不合算,以后想拿出来还麻烦

借：银行存款120万元
贷：实收资本100万元
贷：其它应付款或资本公积20万元