总公司对公公司前期投入的设备、原材料等该怎样进行核算？原材料增值税怎么处理？

按投资各方的确认价值来入账，但合同或协议约定价值不公允的除外。就是说按公允价入账，分录：

借：库存商品 (原材料） （公允价）

固定资产 （公允价）

应交税费――应交增值税（进项税额）

贷：实收资本 -总公司
不知你是要做分公司帐还是总公司帐，分公司帐材料进项税可以抵扣，视同购进材料；总司的帐材料要进项税额转出。

借：长期股权投资
贷：原材料
应交税金--应交增值税（销）
借：长期股权投资
贷：固定资产清理
借：固定资产清理
累计折旧
贷:固定资产
如果符合增值税一般规模纳税人的进项税是可以抵扣的，应一起算进去