替其他公司办理运输，但是运输公司将发票开给我司，我司该如何开票？进行账务处理

如果你不是物流公司这个运费应该由其他公司付款，把发票退回重新开。
铁路部门开的票如果收货单位是你公司，可以用笔将收货单位名称改为实际收货单位名称，然后让铁路部门在修改处盖章。

如果你是物流公司的话，把这个票作为联运费用，你再开一张发票给客户。