、某日，深圳海关到某外资交通器材公司检查进口生产用料

这个肯定交缉私局了，报关员会被取消报关资格并且追究刑事责任，该公司就算提出来证据证明自己不知情也会被处罚，当然只是罚款，不会追究法人刑事责任，但也要看报关员的审讯笔录。题外话：我个人认为该企业肯定知道进口氧化铁皮这件事。

要看是否构成走私罪。也就是说税款到了多少钱。如果够格了，按照刑事程序走，找当事人，寻找证据。如果在案件侦办过程中发现确系报关员的个人行为，那还好说。报关员承担刑事责任。
但是如果证据不足无法构成刑事案件或者税款数量没到，就要走行政处罚程序，当事人肯定是报关单的经营单位，具体情况是定飞料还是申报不实要看案件的侦办情况。报关员可能会承担资格罚部分和罚款。
案件的情况介绍太少，大致如此吧。

该公司现在就这样说了，但这种一面之词海关能信吗？公司的公章那么容易就给别人拿走？可笑，我想该公司肯定也有收受好处的，算共犯吧

这个就是企业内部管理的失误。