如何理解达尔文的自然选择？

达尔文的自然选择（英文Natural Selection），就是说：一个物种由于适应环境而得以生存下来，而不适应环境的物种就会被淘汰。

（但是，达尔文的自然选择有很大的问题。因为这其实是一个逻辑，或者说哲学上的问题：一个物种，如果要适应环境，该物种就必须有一些特性，这些特性有帮助生存的价值。但是这些特性是哪里来的呢？根据达尔文的学说，这些特性是根据自然的选择保留下来的。这就变成了循环论证。通过物种的特性有自然选择，自然选择中又保留下来了特性。举例来说：变色龙有变色的能力，所以它适应了环境，通过自然选择就生存下来了。但是，这个能力哪里来的？是根据自然选择让它将这个能力保留下来，所以我们今天可以看到。换句话说：自然选择是根据这个变色的能力来选择的，是先有变色能力，再有自然选择。但是，这个能力真正的源头无法知道。说穿了，先进化，再自然选择。所以这就是其中的问题）

另外一个例子：一个长颈鹿脖子会因为想要吃高处的树叶脖子就长长，然后长脖子的就活下来了。（但这是不可能的，因为这个长颈鹿可以用力一下，使脖子稍微长点，但是这个不是在他的DNA里的，所以下一代的长颈鹿脖子还是原来的长度。那种长是不会遗传的，就像你肌肉可以练得很发达，但是你孩子还是要重新开始练，他的肌肉不会自然就很发达）

比如正常的苍蝇有健全的翅膀，在城市这种风很小的地方，存活率高，而在常年有很强海风的海岛上，健全翅膀的苍蝇不能起飞，因为很容易就被强风吹到很远的地方，无法自由控制，也没法生存，而基因突变而产生的翅膀残缺的苍蝇，在这儿风力很强的岛上却能自如飞行（无风或小风时，根本飞不起来），那么在这种自然环境下，翅膀残缺的苍蝇就是被自然界选择生存下来的物种。

达尔文学说以生物个体为单位，主要是强调自然选择，适者生存对个体的作用，而后者以种群为单位，强调基因水平上的重组和突变，很多采用统计学方法进行群体基因分析。
因为达尔文学说仅停留在个体水平，即表观现象，没有深入到分子水平，遗传变异的本质在于分子水平基因的进化，所以它无法对遗传变异的本质做出解释，而后者建立在基因测序技术进步的基础上，对基因水平上的突变和进化的机理都有研究。