操作系统是通过什么控制电脑关机的？

首先，不知道你要问这个问题干什么！如果你的系统不能控制电脑关机，直接说明就 好了。
操作系统控制电脑关机，说得简单的就是通过操作系统控制主板系统控制主板断电！或者说是关闭硬盘等设备。但是在不拔电源的状态下，电脑的主板依然是在工作的（大部分电器都是一样，不切断电源关机就等于是待机）。

通过指令啊...

出了奔以后主板上就有一个断电装置，你点了关机后CPU将内存中的必要资料存入硬盘中，然后给断电器发出命令断开主板电源。

有时间多研究一下，遥控器是如何开关电视机的吧，研究空调的也可以。实在闲的蛋疼，研究一下万能遥控器是如何一机开关电视、空调的。