Don't judge a book by its cover

by表示手段，“别从一本书的封面来评价一本书”，its是修饰后面的cover（封面）的。

"由/凭它的"

不要凭一本书的表面而断定它的内容

its是it的形容词形物主代词形式。
它的
不要靠一本书的封面来评判它。

本句的意思是不要凭借书皮来评价一本书，里面的是by凭借的意思，its是指a book

相当于汉语的：不要以貌取人。