pcr，cDNA引物的问题

同学，从你问问题的情况我猜想你可能有些基本问题很含糊。
我试着分析一下。

1.首先PCR是体外大量扩增目的DNA的技术。
你问模板DNA是什么，这是不需要问的，你想扩增的目的基因是什么什么就是模板。你用cDNA来做PCR模板当然是cDNA双链了。（一定是双链）
cDNA做模板，引物当然不是cDNA了，而是可以与cDNA单链互补配对的一段寡核苷酸。（引物是设计的）
总结一下
mRNA是已经去除了内含子的→反转录出cDNA单链→合成双链cDNA→pcr，得到的大量cDNA产物，相当于对真核生物DNA的有用信息（我们想研究的信息---外显子）做了扩增。

2 mRNA反转录不会丢失片段。真核DNA转录初级产物是带内含子的，切除内含子后连接外显子就得到了mRNA。

3 直接提取的真核DNA做PCR，得到的是完整的DNA产物。至于你问怎么得到目的基因，我不太能理解。首先你要知道你的目的基因是什么，你的目的基因是真核生物的完整DNA，就用DNA做PCR；目的基因是cDNA就用cDNA做PCR。

弄清PCR过程，原理，和一些名词，再看你的问题，你会发现根本不是问题。
没懂发站内信交流。
希望回答对你有帮助。

"所以做PCR，用反转录得到的cDNA做引物"你这个理解是不对的，cDNA就是是作PCR模板用的；
mRNA反转录的时候，是会有片段断裂或者不完整，但是，mRNA的拷贝数有几十万甚至几千万个，不会每个mRNA拷贝在你扩增的目的基因处都断裂或者降解掉的。
另外，提取RMA的时候，一般情况不会有DNA污染的，就算有，我们也可以通过引物的设计来避免扩增出基因组DNA。设计引物的时候，使其在两个外显子的连接处，这样就可以避免扩增出基因组DNA了

第一问回答，模板当然是cDNA啦，既然你的都是逆转录产物，做PCR扩增肯定是cDNA。

第二问，如果用直核细胞的DNA做PCR，想要得到目的基因，是有内含子序列的。

真核提取的DNA你转录为RNA时内含子就排除了，再反转录得到DNA就可以了吧。