我想与对方企业写一张双方货款已全部结清的协议,请教叫什么协议?

这不是协议，协议是约定双方权利义务的文种。按你的意思，如果是对方公司把剩余货款全部支付给你公司（反之亦然），可以由你们向对方出一张证明。

证明

XXX公司：
贵公司与我公司在 年 月 日签订的XXX合同，我公司已根据合同要求，将货物全面交付贵公司。贵公司也于 年 月 日将全部货款支付给我公司。
特此证明。

（盖章）
年 月 日