请问我公司属于分包商，总包商已在税务局交过税，我公司也对此工程交了税，我想问这笔税金倒底应是谁交？

你们是建筑企业吗?总包商已在税务局交了什么税？就建筑企业来说，只有营业税及附加可以抵扣，就是总包交了营业税及附加后，你们作为分包商和总包一起去税务局开个分割单，营业税你们不需要再交，由总包代扣代缴，但别的税如个人所得税等，你们必须各自交各自的。
例如，一个工程，总包签2000万，其中1000万分包给你们做，营业税及附加3.41%，总包给税务局交68.2万，你们只要拿总包的完税证明去税务局开分割单，不需再交，但总包付你们款只有1000-34.1=965.9万，相当于这1000万的税最终还是你们交的。

根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第五条第二款及第十一及第二款规定，对建筑安装业务总承包人分包、转包本市建筑安装业务必须由总承包人代扣代缴营业税，同时总承包人必须对分包、转包单位开具完税凭证。

因此，应当是由总包人代扣代缴你公司营业税，并在税后向你开具营业税完税证明。
注意，总包只是代扣代缴，替你申报并缴纳营业税，并不是说由他承担，最后分包业务部门的营业税还是由你公司自己承担。