我前次剖腹产下一女婴，全腭裂，并怀疑有脑积水，请问这和我们夫妻的基因有很大的关联吗？

原因很多
但是原因是药物或是环境的可能性更大
在我国新生儿中唇、腭裂的发生率约为1：1000，绝大多数腭裂的发生是遗传与环境两种因素共同作用的结果，环境因素即胚胎生长发育的环境，也即母体的生理状态，如怀孕期呕吐和偏食造成营养缺乏、母体遇到某种损伤、病毒感染（如风疹等）、怀孕期使用某些有致畸作用的药物或接触放射线以及因怀孕期一些不良刺激导致内分泌紊乱等，皆可扰乱胚胎生长发育的环境，影响腭部的发育，导致腭裂的发生

很同情你的遭遇。这多数和环境有关的。建议你和丈夫去做个检查，调养好身体以后过一段时间再怀宝宝了。