学校发的公文有时会跨年度，该如何编号呢？

你的具体情况我不太了解。一般这种编号的编码原则会吧日期作为编码的一部分。比如061207××××。这种编码还可以直接识别文件发行日期。

跨越年度一般以文件发行的日期编。然后可以考虑注明有效期。