单位里的房子说是不办理房产证，直接按当时提交的名字算，这样是否合理？

要看你的房产证是不是完全产权，有的是80％，20％是单位的这样是不可以过户的：
费用：
契税:2%(<144平方米)
维修基金：1.5%(<144平方米)
交易手续费：6元/平方米
工本费：80
印花税：0.05%（买卖双方都要交）
个人所得税：2%(<144平方) 不超面积的1％
营业税:5%（满五年的房产免）

关键是你们单位盖的房子是否有齐全合法的手续！如果没有，使办不下来房产证的！
如果办不下来，交多钱也没用！
契税1.5%，如果是非普通是3%
印花税0.05%
维修基金是2%（如果是高层，且有电梯是3%）
可能的大项还有煤气和暖气的初装费，按当地标准
其他都是小费用了！