我应该怎么样保护好自己的电脑呢，把那些下载的东西都整理好呢?

首先是硬件方面的保养。
平时使用电脑的时候对自己的机子温柔些，少玩一些使用键盘的游戏。
尽量避免用手指戳显示器，经常清理显示屏幕。不要用卫生纸乱擦，最好用专业清屏工具，它价格也不是很贵。
鼠标定时清理滚轴，以保证鼠标的灵敏度。
如果经常用电脑的话，就不要重复多次开关机。
然后是软件方面
将文件归类，定时杀毒，及时更新系统。经常备份。
下载时安装程序放在c盘以外的地方，安装的东西可以放在c盘下，也可放到自己新建的文件夹里。
你可以下载个超级兔子或恶意软件清理，定时清理不用的东西。