锦鲤是怎么从普通鲤鱼改良成今天这个样子的？

通过不断的选育。
选择有变异的个体作为种鱼，那样情况下的变异就会被保留，而且有变异的鱼通常不会很快停止变异的步伐，与众不同的特点就作为我们的看点和重点被夸张和遗传下来。
奇怪的特征在自然状态下会被淘汰，但是人工饲养保证了这些“畸形”者能够生存，这就是为什么自然界的鲤鱼看不到那么大变化的原因——即使产生了某种变异，因为无法适应自然而很快被捕食动物消灭，其“畸形”后代无法出现。可以想象，色彩斑斓的锦鲤确实养眼，但是在野外那样的色彩使它更容易被天敌发现并吃掉。

杂交，变异了，留下，养着，以后继续杂交