a little不是修饰不可数名词吗？怎么有a little present?

little形容词,修饰名词
数词,修饰不可数名词
还可以表示否定,不过你没问

a little 作为词组，表示“一点、一些……”时，修饰不可数名词。

而在 a little present 这个表达中， a little 并非词组，而是独立的。
little 在这里的意思是 “小”。a little present：一份小礼物。
类似还有：a little girl：一个小女孩。