为何两税合并？

你的问题都在这里了——金人庆作关于《中华人民共和国企业所得税法（草案）》的说明

参考资料：http://www.chinatax.gov.cn/n480462/n480483/n480549/5196764.html

就是指内资企业适用的“企业所得税”和外资企业适用的“外国企业和外国投资企业所得税”要合二为一；
因为，现阶段外资企业在所得税上有较大的优惠，已经是超国民待遇了。包括各种税收优惠，费用的扣除都比内资企业要宽松，因此内资企业对两税合一要求比较强烈。但是同样外资企业不愿意放弃既得的利益，对此意见很大。所以一直定不下来！