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来源:百度知道 编辑:UC知道 时间:2024/06/28 05:41:08
This option becomes available if the selected model has formulas that allow the
relaxation of the assumption of homogeneity of substitution patterns among
lineages.
Rates among Sites
This option becomes available if the selected distance model has formulas
that allow rate variation among sites. If you choose gamma-distributed
rates, then the Gamma parameter option becomes visible.
5.33 Minimum Evolution Method
Minimum Evolution
In the ME method, distance measures that correct for multiple hits at the same sites
are used, and a topology showing the smallest value of the sum of all branches (S)
is chosen as an estimate of the correct tree. However, the construction of a
minimum evolution tree is time-consuming because, in principle, the S values for
all topologies must be evaluated. The number of possible topologies (unrooted
trees) rapidly increases with the number of taxa so it becomes very difficult to
examine

这个选择变得可利用,如果选择的模型有允许代替样式同质性做法放松在后裔之中的惯例
率在站点之中这个选择变得可利用,如果选择的距离模型有允许率变异在站点之中的惯例。 如果您选择伽玛分布的率,则伽玛参量选择变得可看见。 5.33极小的演变方法极小的演变
在我方法、距离措施正确为多命中在同样站点使用和显示所有分支(s)的总和的最小的价值拓扑结构被选择作为正确树的估计。 然而,一棵极小的演变树的建筑耗时,因为,原则上, S价值为
必须评估所有拓扑结构。 可能的拓扑结构的数量(unrooted树)迅速地增加以罗汗松的数量,因此审查所有拓扑结构变得非常难。 在这种情况下,你也许使用邻居加入的方法。 当NJ树通常是相同象我树时,当罗汗松的数量是
小在NJ和我之间的区别树可以是坚固的(回顾在Nei和Kumar 2000)。 在这种情况下,如果使用一个长的脱氧核糖核酸或氨基酸序列,我树是更好的。 当使用的核苷酸或氨基酸的数量是
相对地小, NJ方法比我方法(Nei经常引起正确toplogy等。 1998年, Takahashi和Nei 2000)。 在兆,我们提供关闭邻居互换查寻审查NJ树的邻里发现潜力我树。[

这个选项可供使用如果选定的模型计算公式,允许放宽假设同质 substitution图案其中lineages. 率用地这个选项可供使用如果选定距模型计算公式,使率变异地点. 如果你选择伽玛分布率,那么伽玛参数选择变得显而易见. 5.33最小进化方法最低演化出来的方法, 距离措施,纠正多次命中,在同一地点,用 一个拓扑显示最小的价值总和各分公司(s)作为估算 正确的树. 但是,修建了最低进化树很费时,因为,在原则上, S值为所有拓扑学必须加以评估. 人数可能拓扑(unrootedtrees)迅速增加的数目taxa等变得非常困难 审核所有拓扑. 在此情况下,可以使用邻结法. 而NJ法通常是一样的,我的树, 当若干种小的差距nj和我的树可以大幅(综述 266库马尔和2000年). 在这种情况下,如果一个漫长的DNA或氨基酸序列用,我树是可取的. 当多个核苷酸或氨基酸使用相对较小, 该nj方法产生正确的拓扑往往得不出来的方法(266etal. 1998年 西南林学院和Nei2000). 巨型, 我们已提供了近邻居立交搜索